V první fázi hodnocení žadatelů o podporu z projektu CzechEkoSystem vybrali zástupci Ministerstva průmyslu a obchodu ČR, agentury CzechInvest a externí hodnotitelé sedm projektů. Hodnotitelské komise, kterých se účastní i projektům přidělení koučové, posuzovaly mimo jiného potenciál a atraktivitu produktu, pracovní tým žadatele, návrh rozvojového plánu a financovatelnost projektu rizikovým kapitálem. Vybrané projekty z oblasti informačních a komunikačních technologií, elektrotechniky a chemie si po podpisu Smlouvy o poskytnutí podpory rozdělí částku přesahující 8 milionů korun.