Ačkoli Evropská komise v srpnu 2013 dopisem pozastavila České republice průběžné platby z Operačního programu podnikání a inovace, jedná se o pozastavení proplácení na úrovni Evropská komise – Ministerstvo financí. Samotné proplácení dotací žadatelům s vydaným Rozhodnutím o poskytnutí dotace ohroženo není, žadatelé mohou dále podávat žádosti o platbu a realizovat svoje schválené projektové záměry. Řídící orgán činí od srpna 2013 aktivní kroky k nápravě.